Vintern 2003-04 byggdes en traditionell kökarskötbåt där två lärlingar deltog. Syftet med projektet var bl.a. att ge ungdomar tillgång till en traditionell seglande bruksbåt. Båten, Anna, som är riggad med två mäster med sprisegel eller en mast med spri- eller gaffelsegel, sjösattes våren 2004.

Våren 2003 sjösattes en segelsump av tidig 1800-talstyp och tolv ökor (ekstockar) har byggts under åren 2002 - 2012.

Vintern 2002 - 03 byggdes en s.k. "fembelbåt", en båttyp som antas vara storbåtens föregångare. Båten är 10 m lång, byggd med huggda vindor och endast fem bord per sida. Den sjösattes i juni 2003 och riggades som brukligt var med råsegel.'

Åren 1998 - 2001 restaurerades det 118 år gamla museifartyget Sigyn och då igångsattes även ett försök att rekonstruera en 18 m lång furuklinkskuta av 1700-talstyp. Projektet ligger dock för tillfället nere.

Åren 2006 och 2007 färdigställdes två storbåtar. Båttypen är en 11 m lång, klinkbyggd, gaffelriggad bruksbåt i trä som förr användes för bl.a. marknadsresor och fiske.

Åren 2008 - 2009 byggdes en gavelmotorbåt, s.k. "Flodinare" samt en kökarjulla.

Bygget av två skötbåtar av kökarstyp inleddes hösten 2011 i Hasse Holmströms båtbyggarverkstad. Båtarna ingår i det s.k. Gip-Jippii-projektet som är initierat från åboländskt håll. Totalt omfattar projektet fem skötbåtar med något sånär likvärdiga mått. Sjösättning skedde i juni 2012. 

Ny rigg till estniska galeasen Hoppet tillverkades 2011 och våren 2012 riggades Hoppet i Sjökvarteret. Hoppet var under en tidigare period i Åländsk ägo.

Sommaren 2012 byggdes en ny släpöka till galeasen Albanus.

Sommaren 2014 inleddes bygget av en Eckerö-skötbåt i museet. Förlagan är en 20 fots (6 m) båt byggd i Eckerö på västra Åland i slutet av 1800-talet.

En 10 meters slup byggdes 2014 - 2016 i Hasse Holmströms båtbyggerivekstad.

Av och till pågår mindre båtbyggnads- och restaureringsprojekt såsom restaureringen av Tjerimaj II, hajkuttern Lillasyster, cabinbåten Thyke och förbindelsebåten Marina II. Sommaren 2016 inledde Jonas Lindvik och Emil Weyand planeringen inför bygget av jakten Atlanta. För mer info se: www.alanta.ax.